Osrednje raziskovalno področje Matjaža Geršiča so zemljepisna imena v vsej svoji pestrosti. Z njimi se je v raziskovalnem smislu srečal že v času študija, ko je sodeloval pri projektu o hišnih imenih na Gorenjskem. Po opravljenem pripravništvu na Gimnaziji Kranj se je kot asistent zaposlil na ZRC SAZU. 

V okviru doktorske raziskave se je posvetil slovenskim pokrajinskim imenom in njihovi identitetni vlogi. Hkrati se je seznanjal z vprašanjem eksonimizacije, kar je bilo osrednje raziskovalno področje njegovega mentorja dr. Draga Kladnika. Priključil se je Delovni skupini za eksonime pri UNGEGN-u. 

Od konca leta 2017 vodi Komisijo za standardizacijo zemljepisnih imen Vlade Republike Slovenije. Vodenje Komisije je povezano tudi s članstvom v Zemljepisno-jezikovni skupini za vzhodni del srednje in jugovzhodno Evropo (ECSEED) ter zastopanjem Slovenije pri UNGEGN-u. 

V nadaljevanju svojega raziskovalnega dela se je posvetil vprašanjem večjezičnosti zemljepisnih imen predvsem v Slovenskem Porabju, v zadnjem obdobju pa sodeluje v Strokovni skupini za standardizacijo slovenskih zemljepisnih imen v Italiji. Skrbi tudi za implementacijo manjšinske zakonodaje na področju rabe zemljepisnih imen v Sloveniji. Svoje delovanje v okviru OZN je usmeril tudi v vprašanja transliteracije, predvsem iz latinice v arabico. S tem je povezano tudi njegovo večmesečno gostovanje na Univerzi kralja Sauda v Rijadu v Saudovi Arabiji.